สำหรับผู้ประกอบการที่มีความประสงค์ในการสมัครเข้ารับการตรวจรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์กับสำนักงานมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ (มกท.) ก่อนทำการสมัครขอรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ ทาง มกท. แนะนำให้ผู้สมัครศึกษารายละเอียด มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ มกท. ให้เข้าใจก่อน และทำการประเมินว่า สามารถปฏิบัติตามมาตรฐานและเกณฑ์ข้อกำหนดต่างๆ ได้หรือไม่
เมื่อผู้สมัครกรอกชุดใบสมัครครบถ้วนเสร็จสมบูรณ์แล้ว ต้องลงนามในสัญญาข้อตกลง จากนั้นทำการชำระค่าตรวจแบบใบสมัครเบื้องต้น ชุดละ 1,070 บาท โดยโอนเข้าบัญชี
*ธนาคารกรุงไทย สาขาพันธุ์ทิพย์ พลาซ่า งามวงศ์วาน ชื่อบัญชี บจ. เอซีที ออร์แกนิค เลขที่บัญชี 985-5-23872-9
*ธนาคารไทยพาณิชย์ สาขาพันธุ์ทิพย์ พลาซ่า งามวงศ์วาน ชื่อบัญชี บจ. เอซีที ออร์แกนิค เลขที่บัญชี 388-238729-4
จากนั้น ส่งไฟลฺ์ข้อมูลใบสมัครทั้งหมดและหลักฐานการชำระเงิน มาที่ [email protected] มกท. จะเริ่มตรวจแบบใบสมัครเมื่อ ผปก. ส่งใบสมัครพร้อม ใบนำฝากค่าตรวจแบบแล้วเท่านั้น
เมื่อฝ่ายรับสมัครตรวจแบบใบสมัครเสร็จเรียบร้อยแล้วจะออก เอกสารใบแจ้งค่าธรรมเนียมการสมัครขอรับรอง โดยประเมินค่าใช้จ่ายตามขอบข่ายมาตรฐาน ประเภทการขอรับรอง และรายละเอียดการประกอบการของผู้สมัคร ตามที่ระบุไว้ในใบสมัคร ผู้สมัครจะต้องชําระค่ําธรรมเนียมแล้วส่งหลักฐานการโอนทางที่อยู่อีเมลของ มกท.
หลังจากการชําระค่ําธรรมเนียมผู้ขอรับรองจะได้รับการติดต่อจํากฝ่ํายตรวจ มกท. เพื่อนัดหมายการตรวจ ณ สถานที่ผลิต/ที่ประกอบการ ในกรณีสมัครขอรับรองแบบกลุ่มผู้ผลิตจะได้รับกํารติดต่อจากมกท. เพื่อไปตรวจประเมินระบบควบคุมภายในก่อนการตรวจประจำปีครั้งแรก
หลังการตรวจผู้ขอรับรองจะได้สําเนํารายงานการตรวจ หากมีข้อบกพร่อง ผู้ตรวจจะแจ้งให้ทราบ และผู้ขอรับรองต้องเสนอมาตรการแก้ไข หรือดำเนินการแก้ไขในทันที พร้อมกับแจ้งการแก้ไขหรือมาตรการแก้ไขนั้น ให้ มกท.ก่อนที่ มกท. จะส่งให้ฝ่ํายรับรองมาตรฐานพิจารณา
เจ้าหน้าที่ฝ่ายรับรองของ มกท. จะพิจารณารับรองจากรายงานการตรวจ และการแก้ไขข้อบกพร่อง และแจ้งผลการรับรองให้ผู้ขอรับรองทราบ เพื่อลงลายมือชื่อในใบตอบรับส่งกลับไปให้มกท.เก็บไว้เป็นหลักฐาน จากนั้นหากผู้ขอรับรองไม่มีข้อบกพร่องสำคัญหรือแก้ไขข้อบกพร่องสำคัญเรียบร้อยแล้ว ทาง มกท.จัดออกใบรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ให้กับผู้ขอรับรอง ส่วนผู้ขอรับรองที่ได้รับการรับรองแล้วต้องการใช้ตราบนฉลากผลิตภัณฑ์ ต้องร่างแบบฉลากและการใช้ตรา ส่งให้ มกท. ตรวจและพิจารณาอนุมัติก่อนทําสัญญาการใช้ตรา